Con la necesidad de fortalecer el proceso de construcción del proyecto escolar de las escuelas comunitarias, en el año 1994 la FGA da inicio al Curso de Profesionalización de maestros indígenas de La Pedrera, el cual recoge las directrices del momento del Ministerio de Educación Nacional para la profesionalización de docentes indígenas (Decreto 2762 de 1980, artículos 2, 8 y 14). El programa de profesionalización de La Pedrera se diseño conjuntamente con los indígenas bajo los lineamientos del programa de etnoeducación, en convenio entre las capitanías indígenas de la región, el Ministerio de Educación Nacional, la Educación Contratada del Amazonas, la Escuela Normal Superior de Leticia y la FGA. Iniciaron el curso 50 profesores y se graduaron 38 maestros indígenas (33 hombres y 5 mujeres), cuya edad oscilaba entre los 18 y los 45 años, pertenecientes a las etnias Yukuna, Matapi, Tanimuka, Letuama, Makuna, Bora, Miraña, Carijona, Yauna y Barasana. El programa tuvo una duración 5 años, con 10 etapas presenciales de un mes cada una. Al final del curso, los docentes recibieron un diploma que los acreditaba como bachilleres pedagógicos reconocidos por la Escuela Normal Superior de Leticia. El énfasis de formación estuvo orientado a las áreas de educación y pedagogía, lenguaje, matemáticas, naturaleza y sociedad. Los estudiantes se concentraban durante los periodos de vacaciones en La Pedrera. Allí, asistían a cursos presenciales de un mes, donde desarrollaban los contenidos temáticos preparados por el grupo de profesionales, quienes desde distintas áreas promovían la formulación de proyectos tema (proyectos de aula o proyectos pedagógicos) que posteriormente, en el período no presencial o de trabajo de los docentes, debían implementar en sus escuelas.         En cuanto al desarrollo del contenido temático, el curso buscó entre otros aspectos: reconocer los saberes y las formas propias de conocer (denominado holístico o integral) de los indígenas para incorporarlos como conocimiento válido en un sistema curricular propio; promover la investigación histórica, geográfica, cultural, biológica y social del territorio, indagar sobre las formas propias de realizar operaciones matemáticas para contrastarlas con las formas operativas de las matemáticas de occidente y formular propuestas de lectura y escritura en español y en las lenguas propias. Los estudiantes eran evaluados numéricamente (de 1 a 5) tanto por su participación en las actividades presenciales, como por el desarrollo de sus proyectos, en los tiempos no presenciales. La cuota indígena en este proceso de apropiación de la educación escolarizada, estuvo representada en la interpretación y el sentido cultural que estos le imprimieron a su trabajo. De esta manera, se rompió con la enajenación en relación con las prácticas escolares habituales y se introdujeron algunos hábitos de crianza propios como la “palabra de consejo”; se organizó el calendario escolar respetando los tiempos de los rituales tradicionales, se recrearon los calendarios ecológicos como herramientas didácticas para trabajar los saberes escolares, se vinculó de manera más activa a las comunidades en la organización de la escuela, se invitó a los pensadores tradicionales a contar historias en la escuela y se promovió que los niños preguntaran por sus tradiciones como un ejercicio escolar. Con el proceso de formación, esta generación de profesores comunitarios, estuvo lista para consolidar el manejo de sus escuelas de acuerdo a sus necesidades. Algunos de ellos, asumirían posteriormente, el liderazgo de sus organizaciones actuando como encargados de educación en cada resguardo, como secretarios de dichas organizaciones y algunos como interlocutores con los entes estatales. Finalizado el Curso, por pedido de las organizaciones, la FGA entra a realizar un trabajo de acompañamiento local con la asesoría pedagógica y lingüística a la práctica docente, en las escuelas comunitarias a lo largo de los ríos Apaporis, Mirití y el Bajo Caquetá.